Há uma guerra declarada entre o Ministério Público de São Paulo e o Ministério Público Federal. A queda de braço tem como pano de fundo a violência policial em uma manifestação em São Paulo e o caso dos 21 manifestantes que foram detidos com ajuda de um capitão do Exército supostamente infiltrado entre eles. Ambos os casos ocorreram no domingo, dia 4 de setembro, durante um protesto contra o presidente Michel Temer na cidade. O caso rendeu investigações por parte dos dois Ministérios Públicos. Mas, a promotoria paulista entrou com uma representação pedindo que o MPF seja impedido de prosseguir com a investigação sobre o caso e também sobre o uso desproporcional da força pela Polícia Militar naquele dia. Também a pedido do MPSP, os procuradores do MPF que apuravam o caso estão respondendo a um processo disciplinar.
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Na época em que as detenções ocorreram, ao menos quatro processos investigatórios sobre a ação da polícia e a atuação do capitão supostamente infiltrado, Willian Pina Botelho, foram abertos: uma sindicância do Exército para apurar a atuação do capitão, um processo administrativo aberto pelo Ministério da Defesa, e mais duas investigações, uma encabeçada pelo Ministério Público Federal, e outra pelo Ministério Público de São Paulo. O Exército chegou a abrir uma sindicância para apurar a atuação do capitão Botelho no dia das detenções, mas deu o assunto por concluído em novembro – a reportagem pediu as conclusões da investigação via Lei de Acesso à Informação, mas o pedido foi negado em todas as instâncias.